• Jalview是一个专业CAD程序，是专门在显示、分析和跟踪多个序列比对的。

    Jalview的编辑功能让你改变序列比对和审查它们与援助的系统发生树木和主要组成部分的分析(PCA)情节，以及检查出分子结构和注释。

    这Java的开放源代码为基础的方案是针对生物学家和生物信息学家利，并使得使用Jmol为了揭示3D结构和瓦尔纳，用于显示RNA的二级结构。

    在实用工具配有一套全面的功能，因此采取一些时间，以便了解这种程序是强制性的。 还有支持对于帮助手册，提供有关的详细信息工具的能力和网络视频的教程。

    几个浮窗户是综合在主板所以你可以用多种工具，在同一时间。 你可以接近他们中的一些，或者尽量减少或最大限度地提高它们。 目前的项目可以保存到一个罐子格式的文件，因此您可以继续编辑数据的未来。

    你可以查看相同的对许多不同的方法同时进行，所以你可以有各与不同订购的，色彩，隐藏的行列。 树查模式可以打开时你计算的一棵树从的取向或进口通过的文件或网服务，并用于执行的各种选择和色行动相关的序列中的对准。

    该工具可进口或出口数据以Fasta(Pearson),GCG-无国界医生组织、氮化铝/ClustalW，安培块的文件，NBRF/PIR(包括模特变)或Pfam/斯德哥尔摩。

    此外，它能够读出色的和附加说明的路线和树木从罐子文件格式，同时对认可以打印或保存为HTML,PNG或EPS文件的格式。 Jalview可以检索的序列从几个数据库使用WSDBFetch提供的服务的欧洲生物信息学研究所和作为服务器能够顺序的命令。

    Jalview给你的可能性，以改变路线插入或删除的差距与援助的鼠标点击和热键的组合。 还有支持光标的模式，有利于键盘编辑的选择，即空间条，并删除键用于添加和去除的差距在目前编辑的位置。

    更重要的是，你可以复制、粘贴、削减或删除序列，撤消或重做你的行动，修剪准来左或右的前列，消除列内对准它仅包含空间字，消灭所有差距，从准，以及限制的编辑方式，以用户选择的地区。

    Jalview集的颜色方案，为核基础的序列，是能够取的序列，从RFAM和RNA的二级结构图画，以及颜色的部分的顺序基础上的序列的特点，这可能是进口数据库记录(如Uniprot)或从阅读一个文件。

    你可以使用各种网络服务，例如取出器序列顺序，调整和结构检索提供了通过欧洲生物信息学研究所(EBI),DAS功能的取出器(检索和显示功能，从DAS注释来源)和参考数据库取出器(转让的数据库的文献记录可从DAS)。

    计算帮助你的路线，生成树木，应用的主要组件的分析，检索数据用于计算树或常设仲裁法院图通过抓住信息从分析窗口，适用于对准对选定的序列，并去除冗余数据。

    最后，Jalview实现一个强大的和富有特色的一套参数，用于帮助你分析的多个序列比对，而尤其适用于专业人员。

  • Jalview है एक पेशेवर सीएडी कार्यक्रम है कि विशेष में प्रदर्शित करने, विश्लेषण करने और ट्रैकिंग एकाधिक अनुक्रम संरेखण है ।

    Jalview के संपादन क्षमताओं को सक्षम करने के लिए आप बदल अनुक्रम संरेखण और उन्हें जांच के साथ सहायता की वंशावली पेड़ और प्रधानाचार्य घटक विश्लेषण (पीसीए) भूखंडों, के रूप में अच्छी तरह के रूप में बाहर की जाँच करें आणविक संरचना और एनोटेशन.

    यह खुला स्रोत जावा आधारित कार्यक्रम की दिशा में सक्षम है जीव और bioinformaticians, और का उपयोग करता है 'Jmol' प्रकट करने के क्रम में 3 डी संरचनाओं और वर्ना प्रदर्शित करने के लिए शाही सेना माध्यमिक संरचना.

    उपयोगिता के साथ आता है एक व्यापक सुइट की सुविधाओं लेने के क्रम में कुछ समय के लिए समझ में कैसे इस कार्यक्रम काम करता है अनिवार्य है । वहाँ भी समर्थन के लिए एक सहायता मैनुअल प्रदान करता है कि के बारे में विस्तृत जानकारी उपकरण की क्षमताओं और ऑनलाइन वीडियो ट्यूटोरियल है ।

    कई अस्थायी खिड़कियों में एकीकृत कर रहे हैं मुख्य पैनल तो आप काम कर सकते हैं के साथ कई उपकरणों पर एक ही समय है. आप बंद हो सकता है उनमें से कुछ, या कम से कम या उन्हें अधिकतम. वर्तमान परियोजना को बचाया जा सकता है के लिए एक जार फ़ाइल प्रारूप जारी रख सकते हैं ताकि संपादन डेटा भविष्य में.

    आप देख सकते हैं एक ही संरेखण में कई अलग अलग तरीकों से एक साथ, तो आप कर सकते हैं प्रत्येक संरेखण के साथ एक अलग आदेश, रंग, छिपा पंक्तियों और स्तंभों है । ट्री व्यू मोड में खोला जा सकता है जब आप की गणना एक पेड़ से एक संरेखण या आयात के माध्यम से यह एक फ़ाइल या वेब सेवा, और उपयोगी है के प्रदर्शन के लिए विभिन्न चयन और रंग के संचालन के साथ जुड़े दृश्यों के संरेखण में है.

    उपकरण कर सकते हैं आयात या निर्यात डेटा से/करने के लिए Fasta (पियर्सन), GCG-एमएसएफ, ALN/ClustalW, AMPS ब्लॉक फाइल NBRF/पीर (सहित MODELLER संस्करण) या Pfam/स्टॉकहोम.

    इसके अतिरिक्त, यह पढ़ने के लिए सक्षम है रंग और एनोटेट संरेखण और पेड़ों से जार फ़ाइल स्वरूप है, जबकि संरेखण देखें मुद्रित या बचाया जा सकता करने के लिए HTML, PNG या EPS फ़ाइल स्वरूप है । Jalview प्राप्त कर सकते हैं दृश्यों से कई डेटाबेस का उपयोग कर WSDBFetch द्वारा प्रदान की सेवा, यूरोपीय जैव सूचना विज्ञान संस्थान और के रूप में सर्वर के लिए सक्षम अनुक्रम आदेश.

    Jalview आप संभावना देता है परिवर्तन करने के लिए संरेखण द्वारा डालने या हटाने के अंतराल के साथ सहायता के लिए माउस क्लिक करता है और हॉटकी संयोजन है । वहाँ भी समर्थन के लिए एक कर्सर मोड की सुविधा है कि कुंजीपटल संपादन विकल्प, अर्थात् अंतरिक्ष बार और हटाएँ कुंजी इस्तेमाल कर रहे हैं के लिए जोड़ने और हटाने के अंतराल पर वर्तमान संपादन पदों.

    क्या अधिक है, आप कर सकते हैं कॉपी, पेस्ट, कट या हटाना दृश्यों, पूर्ववत करें या फिर से करें अपने कार्यों, ट्रिम के संरेखण के लिए छोड़ दिया है या सही वर्तमान के स्तंभ निकालने के लिए, स्तंभ के भीतर संरेखण होते हैं, जो केवल अंतरिक्ष वर्ण, सभी का सफाया अंतराल से संरेखण, के रूप में अच्छी तरह के रूप में सीमित संपादन मोड के लिए एक उपयोगकर्ता के चयनित क्षेत्र.

    Jalview एकीकृत रंग योजनाओं के लिए न्यूक्लिक आधारित दृश्यों के लिए सक्षम है लाने के दृश्यों से RFAM और शाही सेना माध्यमिक संरचना रंग, के रूप में अच्छी तरह के रूप में रंग के अनुक्रम के आधार पर अनुक्रम सुविधाओं हो सकता है, जो आयातित डेटाबेस से रिकॉर्ड (इस तरह के रूप में Uniprot) या एक फ़ाइल से पढ़ने.

    आप उपयोग कर सकते हैं वेब सेवाओं की एक किस्म है, इस तरह के रूप में अनुक्रम Fetcher के लिए, अनुक्रम संरेखण और संरचना पुनर्प्राप्ति द्वारा ही प्रदान की जाती यूरोपीय जैव सूचना विज्ञान संस्थान (EBI), दास सुविधा फ़ेचर (पुनर्प्राप्ति और दृश्य सुविधाओं का दास से एनोटेशन स्रोतों) और डेटाबेस संदर्भ फ़ेचर (यह स्थानान्तरण डेटाबेस से संदर्भ रिकॉर्ड उपलब्ध दास से).

    गणना की मदद से आप सॉर्ट संरेखण उत्पन्न, पेड़, लागू प्रधानाचार्य घटक विश्लेषण, डेटा पुनः प्राप्त करने के लिए इस्तेमाल किया की गणना एक पेड़ या पीसीए प्लॉट हथियाने के द्वारा जानकारी से विश्लेषण खिड़की लागू होते हैं, जोड़ो में संरेखण पर चयनित दृश्यों, और हटा अनावश्यक डेटा.

    में निष्कर्ष है, Jalview लागू करता है एक शक्तिशाली और अमीर विशेष रुप से सूट के मानकों को मदद करने के लिए आप का विश्लेषण एकाधिक अनुक्रम संरेखण, और है उपयुक्त के लिए विशेष रूप से पेशेवरों.

  • Jalview is a professional CAD program that is specialized in displaying, analyzing and tracking multiple sequence alignments.

    Jalview’s editing capabilities enable you to alter sequence alignments and examine them with the aid of phylogenetic trees and principal components analysis (PCA) plots, as well as check out molecular structures and annotations.

    This open-source Java-based program is geared towards biologists and bioinformaticians, and makes use of Jmol in order to reveal 3D structures and VARNA for displaying RNA secondary structure.

    The utility comes with a comprehensive suite of features so taking some time in order to understand how this program works is mandatory. There’s also support for a help manual that offers detailed information about the tool’s capabilities and online video tutorials.

    Several floating windows are integrated in the main panel so you can work with multiple tools at the same time. You may close some of them, or minimize or maximize them. The current project can be saved to a JAR file format so you can continue editing data in the future.

    You can view the same alignment in many different ways simultaneously, so you can have each alignment with a different ordering, coloring, hidden rows and columns. The tree view mode can be opened when you calculate a tree from an alignment or import it via a file or web service, and is useful for performing various selections and coloring operations on the associated sequences in the alignment.

    The tool can import or export data from/to Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file, NBRF/PIR (including MODELLER variant) or Pfam/Stockholm.

    Additionally, it is able to read colored and annotated alignments and trees from JAR file format, while the alignment view can be printed or saved to HTML, PNG or EPS file format. Jalview can retrieve sequences from several databases using the WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute and AS servers capable of the sequence command.

    Jalview gives you the possibility to alter alignments by inserting or deleting gaps with the aid of the mouse clicks and hotkey combinations. There’s also support for a cursor mode that facilitates keyboard editing options, namely the space bar and delete keys are used for adding and removing gaps at the current editing positions.

    What’s more, you can copy, paste, cut or delete sequences, undo or redo your actions, trim the alignment to the left or right of the current column, remove columns within the alignment which contain only space characters, wipe out all gaps from the alignment, as well as restrict the editing mode to a user-selected area.

    Jalview integrates color schemes for nucleic based sequences, is able to fetch sequences from RFAM and RNA secondary structure coloring, as well as color parts of a sequence based on sequence features which may be imported from database records (such as Uniprot) or read from a file.

    You can use a variety of web services, such as the Sequence Fetcher for sequence, alignment and structure retrieval provided by the European Bioinformatics Institute (EBI), DAS Feature Fetcher (retrieval and visualization of features from DAS annotation sources) and Database Reference Fetcher (it transfers database references from records available from DAS).

    Calculations help you sort alignments, generate trees, apply the principal component analysis, retrieve data used for calculating a tree or PCA plot by grabbing info from the analysis window, apply pairwise alignment on the selected sequences, and remove redundant data.

    In conclusion, Jalview implements a powerful and rich-featured suite of parameters for helping you analyze multiple sequence alignments, and is suitable especially for professionals.