• PhyloSort是一个工具,各种系统发育的树木通过搜索的用户指定的子树,其中包含一个一元的集团的利益。

    这里是一些关键特征"PhyloSort":

    ■在寻找一元之间关系的群体分类的。

    ■筛选举支持的价值观相关的一元的聚类簇的。

    ■过滤树的复杂性(数目的分类在树)。

    ■过滤通过家庭的复杂性(基因数目每分类在树)。

    ■聚类的树木(基因)进入树群(基因家庭)。

    ■组拥有(或是)一个定使用分类基准的树。

    ■清洁和可重复使用实行的共同程序操纵树的数据结构如Newick分析,穿越树和重定的。

    ■视树拓扑使用树观众(ATV).

  • PhyloSort है कि एक उपकरण प्रकार की वंशावली पेड़ के लिए खोज के द्वारा उपयोगकर्ता-निर्दिष्ट सबट्री होते हैं कि एक संघीय समूह बनाते हैं ब्याज की है ।

    यहाँ कुछ प्रमुख विशेषताएं हैं की "PhyloSort":

    ■ के लिए खोज संघीय संबंधों के समूहों के बीच टाक्सा.

    ■ छानने बूटस्ट्रैप द्वारा समर्थन मूल्यों के साथ जुड़े संघीय clades.

    ■ फ़िल्टरिंग द्वारा पेड़ जटिलता की संख्या (टाक्सा में एक पेड़).

    ■ छानने के द्वारा परिवार की जटिलता की संख्या (जीन प्रति टैक्सोन एक पेड़ में).

    ■ Clustering के पेड़ (जीन) में पेड़ समूहों (जीन परिवारों).

    ■ समूहीकरण OTUs का उपयोग कर एक वर्गीकरण के संदर्भ पेड़ ।

    ■ स्वच्छ और पुन: प्रयोज्य के कार्यान्वयन आम प्रक्रियाओं में हेरफेर करने के लिए पेड़ डेटा संरचना के रूप में इस तरह Newick पार्स, पेड़ चंक्रमण और rerooting.

    ■ Visualizing पेड़ टोपोलॉजी का उपयोग कर एक पेड़ दर्शक (एटीवी).

  • PhyloSort is a tool that sorts phylogenetic trees by searching for user-specified subtrees that contain a monophyletic group of interest.

    Here are some key features of "PhyloSort":

    ■ Searching for monophyletic relationship among groups of taxa.

    ■ Filtering by bootstrap support values associated with the monophyletic clades.

    ■ Filtering by tree complexity (number of taxa in a tree).

    ■ Filtering by family complexity (number of genes per taxon in a tree).

    ■ Clustering trees (genes) into tree clusters (gene families).

    ■ Grouping OTUs using a taxonomy reference tree.

    ■ Clean and reusable implementation of common procedures to manipulate tree data structure such as Newick parsing, tree traversal and rerooting.

    ■ Visualizing tree topology using A Tree Viewer (ATV).