• Seq代的开发是一个程序，将模拟演变的核苷酸或氨基酸序列沿着一个系统，使用共同模型的替代进程。

    一个范围的模型的分子进化是实现包括大可逆转的模式。 状态的频率和其他参数模型可以给予网站的特定比率的非均质性也可合并在一定数量的方式。 任何数量的树可以阅读和程序将会产生任何数量的数据集用于每一棵树。

    因此大型的复制模拟可以很容易地创建。 它已经被设计为一般目的的模拟，采用最常用(和计算易处理)的模型的分子序列的演变。

    Seq代是一个命令行控制的程序编写ANSI C它应该很容易编纂和运行上的任何UNIX系统或工作站。 本文件描述了使用Seq代UNIX机器。 该应用程序需要的内存数量的大小成正比的每一个模拟序列数据集。

    运行Seq代你的类型：

    seq代的[参数][有序]

    其中[参数]的参数的程序(如下所述)，[树]是树的文件和[序列]的名称文件，该文件将包含所模拟的序列。 树的文件必须包含一个或更多的树木在PHYLIP格式。

    的序列生产的Seq代写入标准输出(并因此可以重定向到输出的文件，使用>[文件])中。 其他信息和结果写入标准的错误，并因此会出现在屏幕上。

  • Seq पीढ़ी विकसित किया गया था करने के लिए हो सकता है एक प्रोग्राम है कि अनुकरण करेंगे विकास के न्यूक्लियोटाइड या एमिनो एसिड दृश्यों के साथ एक फाइलोजेनी का उपयोग कर, आम के मॉडल के प्रतिस्थापन की प्रक्रिया है ।

    एक श्रृंखला के मॉडल की आणविक विकास को लागू कर रहे हैं सहित सामान्य प्रतिवर्ती मॉडल है । राज्य आवृत्तियों और अन्य मानकों के साथ मॉडल को दिया जा सकता है और साइट-विशिष्ट दर विविधता भी शामिल किया जा सकता है तरीकों की एक संख्या में है । किसी भी पेड़ों की संख्या में पढ़ा जा सकता है और कार्यक्रम का उत्पादन होगा किसी भी डेटा सेट की संख्या में से प्रत्येक के लिए पेड़.

    इस प्रकार के बड़े सेट को दोहराने सिमुलेशन आसानी से बनाया जा सकता है । यह किया गया है करने के लिए बनाया गया एक सामान्य प्रयोजन है कि सिम्युलेटर में शामिल सबसे अधिक इस्तेमाल किया है (और computationally विनयशील) मॉडल के आणविक अनुक्रम विकास.

    Seq पीढ़ी है एक आदेश-पंक्ति नियंत्रित कार्यक्रम में लिखा एएनएसआई सी यह आसानी से किया जाना चाहिए संकलित करने और चलाने पर किसी भी यूनिक्स प्रणाली या कार्य केंद्र है । इस कागज के उपयोग का वर्णन Seq-जनरल पर एक UNIX मशीन. आवेदन की आवश्यकता है स्मृति की राशि के लिए आनुपातिक आकार के प्रत्येक नकली अनुक्रम डेटा सेट.

    चलाने के लिए Seq-Gen आप के प्रकार:

    seq-gen [पैरामीटर] [दृश्यों]

    जहां [पैरामीटर] कर रहे हैं के कार्यक्रम के लिए मानकों (नीचे वर्णित), [पेड़] पेड़ है फ़ाइल और [दृश्यों] फ़ाइल के नाम में शामिल होंगे कि नकली दृश्यों. पेड़ फ़ाइल शामिल होना चाहिए एक या एक से अधिक पेड़ों में PHYLIP स्वरूप है ।

    दृश्यों के द्वारा उत्पादित Seq पीढ़ी कर रहे हैं प्रश्न के लिखित मानक आउटपुट करने के लिए (और इस प्रकार कर सकते हैं करने के लिए पुनः निर्देशित आउटपुट का उपयोग कर फ़ाइल > [नाम]). अन्य जानकारी के लिए और परिणाम के लिए लिखा मानक त्रुटि और इस प्रकार स्क्रीन पर दिखाई देगा.

  • Seq-Gen was developed to be a program that will simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences along a phylogeny, using common models of the substitution process.

    A range of models of molecular evolution are implemented including the general reversible model. State frequencies and other parameters of the model may be given and site-specific rate heterogeneity may also be incorporated in a number of ways. Any number of trees may be read in and the program will produce any number of data sets for each tree.

    Thus large sets of replicate simulations can be easily created. It has been designed to be a general purpose simulator that incorporates most of the commonly used (and computationally tractable) models of molecular sequence evolution.

    Seq-Gen is a command-line controlled program written in ANSI C. It should be easily compiled and run on any UNIX system or workstation. This paper describes the use of Seq-Gen on a UNIX machine. The application requires an amount of memory proportional to the size of each simulated sequence data set.

    To run Seq-Gen you type:

    seq-gen [parameters] [sequences]

    where [parameters] are the parameters for the program (described below), [trees] is the tree file and [sequences] is the name of the file that will contain the simulated sequences. The tree file must contain one or more trees in PHYLIP format.

    The sequences produced by Seq-Gen are written to the standard output (and can thus redirected to the output file using > [filename]). Other information and results are written to the standard error and thus will appear on the screen.