• SeqMonk是Java基于软件的应用程序，方便用户友好的环境来帮你查看并分析映射序列数据。

    前提是你必须Java计算机上安装的，你不需要设置任何东西。 这意味着你可以保存程序文件中的任何一部分的磁盘和只要点击。罐子文件，以启动SeqMonk的。 否则，你可以保存一笔驱动直接运行上的任何的电脑最小的努力。 不同于大多数安装，它不会修改Windows注册设置。

    为了与工作SeqMonk，你需要配置一个临时缓存目录。 任选，可以指出一个自定义的基因组文件夹。

    这是可以浏览一清单有众多的基因组和下载的任何要进入你的项目，或建立一个从零开始通过指定的各种细节，例如种类、组和数量的伪染色体。

    除了观察和分析基因组的图形表示，SeqMonk允许你探索各种各样的信息，例如数据集和团体中复制的设置，一起与探测清单。 你可以导入数据从一种范围广泛的格式，例如文本(通用)，BAM/SAM，床，俾斯麦的，领结，大羚羊，或GFF的。 同样地，可以进口的注释。

    目前看可以出口到的文件(染色体、基因组、BEDGraph). 它也可以复制目前的位置，选择的注释轨道显示，找到一个功能，显示标签项目，设置数据放水平，表明特征类型的忽视、压缩的输出减少其规模，等等。

    我们还没有遇到任何的稳定性问题在我们的测试中，这要归功于一个事实，即SeqMonk没有冻结、崩溃或显示错误信息。 其影响对整计算机的性能是最小的，因为它需要较低的CPU和RAM正常工作。

    虽然它没整合的直观的选择不少经验丰富的用户，SeqMonk提供了一个强有力的解决方案，用于观察和分析映射序列数据的专家。

  • SeqMonk है एक जावा-आधारित सॉफ्टवेयर आवेदन की सुविधा है कि एक उपयोगकर्ता के अनुकूल वातावरण में मदद करने के लिए आप को देखने के लिए और विश्लेषण मैप अनुक्रम डेटा.

    बशर्ते कि आप जावा स्थापित है आपके कंप्यूटर पर, आप की जरूरत नहीं है स्थापित करने के लिए कुछ और. इसका मतलब यह है कि आप कर सकते हैं बचाने के लिए प्रोग्राम फ़ाइलों के किसी भी हिस्से में डिस्क और बस क्लिक करें .जार फ़ाइल को लॉन्च करने के लिए SeqMonk. अन्यथा, आप कर सकते हैं इसे बचाने के लिए एक पेन ड्राइव करने के लिए सीधे इसे चलाने के लिए किसी भी पीसी पर न्यूनतम प्रयास के साथ. सबसे विपरीत installers के लिए, यह संशोधित नहीं करता Windows रजिस्ट्री सेटिंग्स.

    क्रम में साथ काम करने के लिए SeqMonk, आप विन्यस्त करने के लिए एक अस्थायी कैश निर्देशिका. वैकल्पिक रूप से, आप इंगित कर सकते हैं एक कस्टम जीनोम फ़ोल्डर भी है ।

    यह संभव है करने के लिए या तो एक सूची ब्राउज़ करें कई जीनोम में किसी भी लोगों में आयात करने के लिए अपने परियोजना, या खरोंच से एक बनाने के द्वारा निर्दिष्ट विभिन्न विवरण, इस तरह के रूप में प्रजातियों, विधानसभा, और संख्या के छद्म-गुणसूत्रों है ।

    अलग से देखने और विश्लेषण करने के जीनोम चित्रमय प्रतिनिधित्व, SeqMonk आप का पता लगाने के लिए विभिन्न जानकारी, इस तरह के रूप में डेटा सेट और समूहों को दोहराने सेट, के साथ एक साथ जांच सूची है । आप कर सकते हैं से डेटा आयात प्रारूपों की एक विस्तृत श्रृंखला, इस तरह के पाठ के रूप में (सामान्य), BAM/सैम, बिस्तर, बिस्मार्क, Bowtie, अलंड, या GFF. इसी तरह, आप आयात कर सकते हैं एनोटेशन.

    वर्तमान दृश्य निर्यात किया जा सकता करने के लिए फ़ाइल (गुणसूत्र, जीनोम, BEDGraph). यह भी संभव है की प्रतिलिपि करने के लिए वर्तमान स्थिति का चयन करें, एनोटेशन पटरियों प्रदर्शित करने के लिए, एक खोज की सुविधा दिखाने के लिए, सभी लेबल परियोजना में, डेटा को सेट ज़ूम स्तर, संकेत मिलता है की सुविधा के प्रकार, अनदेखी, सेक उत्पादन करने के लिए अपने आकार को कम, और इतने पर ।

    हम भर में आ havent किसी भी स्थिरता के मुद्दों हमारे परीक्षणों में, धन्यवाद करने के लिए तथ्य यह है कि SeqMonk नहीं था फ्रीज, दुर्घटना या त्रुटि संदेशों को प्रदर्शित. पर इसके प्रभाव को समग्र कंप्यूटर के प्रदर्शन को कम से कम था, के बाद से यह जरूरत कम CPU और राम के लिए ठीक से काम.

    हालांकि यह नहीं करता है को एकीकृत सहज ज्ञान युक्त विकल्प कम अनुभवी उपयोगकर्ताओं के लिए, SeqMonk उद्धार एक शक्तिशाली समाधान को देखने के लिए और विश्लेषण करने मैप अनुक्रम डेटा के लिए विशेषज्ञों.

  • SeqMonk is a Java-based software application that facilitates a user-friendly environment to help you view and analyze mapped sequence data.

    Provided that you have Java installed on your computer, you don't need to set up anything else. This means that you can save the program files in any part of the disk and just click the .jar file to to launch SeqMonk. Otherwise, you can save it to a pen drive to directly run it on any PC with minimum effort. Unlike most installers, it doesn't modify Windows registry settings.

    In order to work with SeqMonk, you have to configure a temporary cache directory. Optionally, you can indicate a custom genomes folder too.

    It's possible to either browse a list with numerous genomes and download any ones to import into your project, or build one from scratch by specifying various details, such as species, assembly, and number of pseudo-chromosomes.

    Apart from viewing and analyzing the genomes graphical representation, SeqMonk lets you explore various information, such as data sets and groups, replicate sets, together with probe lists. You can import data from a wide range of formats, such as text (generic), BAM/SAM, Bed, Bismark, Bowtie, Eland, or GFF. Likewise, you can import annotations.

    The current view can be exported to file (chromosome, genome, BEDGraph). It's also possible to copy the current position, select the annotation tracks to display, find a feature, show all labels in the project, set the data zoom level, indicate feature types of ignore, compress the output to reduce its size, and so on.

    We haven't come across any stability issues in our tests, thanks to the fact that SeqMonk didn't freeze, crash or display error messages. Its impact on the overall performance of the computer was minimal, since it needed low CPU and RAM to work properly.

    Although it doesn't integrate intuitive options for less experienced users, SeqMonk delivers a powerful solution for viewing and analyzing mapped sequence data for experts.