• DAMBE是一个小小的、易于使用的应用程序专门旨在帮助您与数据分析和分子生物学和演变。

    这些都是一些DAMBE职能：

    序列的一致性： ·一般顺序对与核苷酸及氨基酸序列

    ·对准蛋白质的编码的核苷酸的序列，反对对准氨基酸序列

    分子系统学: ·基于距离的方法，包括邻近加入，惠誉-Margoliash,FastME和聚类，结合各种各样的遗传距离，其中包括同时估计最复合的可能性距离，以及各种距离的基础上核苷酸氨基酸和密码基础的替代模式，例如，距离基础上的一般时间可逆(游戏)模型，用于核苷酸的序列或基于逐步的变异的模型微卫星的数据。

    ·最大节约原则的方法

    ·最大可能性的方法

    ·一个多功能树显示小组对出口高质量的树木，用于出版物

    ·相对速检验与核苷酸为基础和密码为基础的模型

    ·基于树的测试分子时钟假设

    ·约会的形态，或基因复制事件与单个或多个校准点

    ·检测重组(状况,Bootscan和一个新的方法基础上的相容性矩阵)

    估计： ·形参数的伽玛分配率的非均质性

    ·所占的比例不变地点

    ·试验替代饱和度

    ·找到最佳配合的替代模型

    生物信息学工具： ·位置的重量矩阵的特征和预测序列的图案

    ·感知对两个组分类的序列的图案

    ·吉布斯取样器为特征和预测的新的隐藏序列的图案

    ·隐马模型

    ·二级结构的预测

    ·写反密码子的识别

    ·特征的密码子使用的偏见与RSCU和蔡

    ·计算的蛋白质电点

    ·肽质量指纹

    ·广泛的实施各种序列的格式，从简单的FASTA格式的注解丰富的基因组数据库的格式。 与库格式，可以很容易地提取编码序列(Cds),用，内含子，显子。路口，rRNA，写、序列上游或下游的Cds，和其他许多人。

  • DAMBE है एक छोटे से, आसान करने के लिए उपयोग आवेदन विशेष रूप से डिजाइन करने के लिए मदद से आप डेटा के साथ विश्लेषण और आणविक जीव विज्ञान और विकास.

    इन में से कुछ हैं DAMBE कार्य:

    अनुक्रम संरेखण: · सामान्य अनुक्रम संरेखण के साथ न्यूक्लियोटाइड और एमिनो एसिड दृश्यों

    · Aligning प्रोटीन कोडिंग nucleotide दृश्यों के खिलाफ गठबंधन एमिनो एसिड दृश्यों

    आणविक phylogenetics: · दूरी आधारित विधियों सहित पड़ोसी, में शामिल होने फिच-Margoliash, FastME और UPGMA, साथ संयोजन के रूप में एक किस्म की आनुवंशिक दूरी के साथ-साथ सहित अनुमानित अधिकतम समग्र संभावना दूरी, के रूप में अच्छी तरह के रूप में दूरी की एक किस्म के आधार पर न्यूक्लियोटाइड, अमीनो एसिड और कोडोन आधारित प्रतिस्थापन मॉडल, उदाहरण के लिए, दूरी के आधार पर सामान्य समय प्रतिवर्ती (जीटीआर) मॉडल के लिए nucleotide दृश्यों या उस के आधार पर चरणबद्ध उत्परिवर्तन मॉडल के लिए माइक्रोसेटेलाइट डेटा.

    · अधिकतम बचत के तरीकों

    · अधिकतम संभावना के तरीकों

    · एक बहुमुखी पेड़-प्रदर्शित पैनल के निर्यात के लिए उच्च गुणवत्ता के पेड़ प्रकाशन के लिए

    · सापेक्ष दर के साथ परीक्षण न्यूक्लियोटाइड आधारित और कोडोन-आधारित मॉडल

    · पेड़-आधारित परीक्षण के आणविक घड़ी परिकल्पना

    · डेटिंग प्रजातीकरण या जीन दोहराव घटनाओं के साथ एकल या एकाधिक अंशांकन अंक

    · का पता लगाने के पुनर्संयोजन (Simplot, Bootscan और एक नई विधि के आधार पर संगतता मैट्रिक्स)

    का आकलन: · आकार पैरामीटर के गामा वितरण के लिए दर विविधता

    · के अनुपात अपरिवर्तनीय साइटों

    · परीक्षण प्रतिस्थापन संतृप्ति

    · खोजने के लिए सबसे अच्छा ढाले मॉडल के प्रतिस्थापन

    जैव सूचना विज्ञान उपकरण: · स्थिति वजन मैट्रिक्स के लिए निस्र्पक और भविष्यवाणी अनुक्रम रूपांकनों

    · Perceptron के लिए दो-समूह के वर्गीकरण के अनुक्रम रूपांकनों

    · गिब्स पारखी के लिए निस्र्पक और भविष्यवाणी उपन्यास/अनुक्रम रूपांकनों

    · हिडन मार्कोव मॉडल

    · माध्यमिक संरचना भविष्यवाणी

    · tRNA anticodon पहचान

    · लक्षण के कोडोन उपयोग पूर्वाग्रह के साथ RSCU और कै

    · कंप्यूटिंग प्रोटीन की समविद्युतविभव बिंदु

    · पेप्टाइड बड़े पैमाने पर फिंगरप्रिंटिंग

    · व्यापक कार्यान्वयन की एक किस्म के अनुक्रम प्रारूपों, सरल से FASTA प्रारूप करने के लिए एनोटेशन-अमीर GenBank स्वरूप है । के साथ GenBank प्रारूप, एक आसानी से निकाल सकते हैं कोडिंग दृश्यों (CDSs), एक्सॉनों, इंट्रोन्स, एक्सॉन intron जंक्शनों, rRNA, tRNA, अनुक्रम नदी के ऊपर या नीचे की ओर के CDSs, और कई दूसरों.

  • DAMBE is a small, easy to use application specially designed to help you with data analysis and molecular biology and evolution.

    These are some of DAMBE functions:

    Sequence alignment: · General sequence alignment with nucleotide and amino acid sequences

    · Aligning protein-coding nucleotide sequences against aligned amino acid sequences

    Molecular phylogenetics: · Distance-based methods including neighbor-joining, Fitch-Margoliash, FastME and UPGMA, in conjunction with a variety of genetic distances including simultaneously estimated maximum composite likelihood distances, as well as a variety of distances based on nucleotide, amino acid and codon based substitution models, e.g., the distance based on the general time reversible (GTR) model for nucleotide sequences or that based on stepwise mutation model for microsatellite data.

    · Maximum parsimony methods

    · Maximum likelihood methods

    · A versatile tree-displaying panel for exporting high-quality trees for publication

    · Relative rate tests with nucleotide-based and codon-based models

    · Tree-based test of the molecular clock hypothesis

    · Dating speciation or gene duplication events with single or multiple calibration points

    · Detecting recombination (Simplot, Bootscan and a new method based on compatibility matrix)

    Estimation of: · the shape parameter of the gamma distribution for rate heterogeneity

    · the proportion of invariant sites

    · Test substitution saturation

    · Find best-fitting substitution models

    Bioinformatics tools: · Position weight matrix for characterizing and predicting sequence motifs

    · Perceptron for two-group classification of sequence motifs

    · Gibbs sampler for characterizing and predicting novel/hidden sequence motifs

    · Hidden Markov models

    · Secondary structure prediction

    · tRNA anticodon identification

    · Characterization of codon usage bias with RSCU and CAI

    · Computing protein isoelectric point

    · Peptide mass fingerprinting

    · Extensive implementation of a variety of sequence formats, from the simplest FASTA format to the annotation-rich GenBank format. With the GenBank format, one can easily extract coding sequences (CDSs), exons, introns, exon-intron junctions, rRNA, tRNA, sequence upstream or downstream of CDSs, and many others.