• 始祖鸟是一个轻便的软件应用程序，其目的是帮助你开放、更改和分析系统发育的树木。

    它可以部署在所有版本的Windows在那里，前提是你必须Java的工作环境目标计算机上安装的。

    这是一个便携式程序，它设有几个好处，你的计算机。 你可能运行它通过简单的开放可执行的文件(没有设置包括在处理)和复制任何u盘或其他便携式设备，所以你可以把它与你所有的时间。

    它不会留下痕迹，在你的窗户注册和存储其他结构文件，这样就可以摆脱它通过删除软件包，你已经抓住了从互联网上。

    始祖鸟揭示了一个结构良好的套房的特点。 然而，这并不一定意味着你能解码专用参数提供方便。 你需要投入额外的时间来学习如何使最大的应用程序的能力。 一帮助手册包含在包装和包括简要说明有关程序的功能。

    几个选择框集在左侧的工作环境对于帮助你的显示几个项目在树上，如分类代码蛋白质的基因码、蛋白质/基因的名称、信心价值、活动和节点的名称。

    该应用程序提供的可能性，进口数据来自各种文件格式，例如XML，NHX，新罕布什尔州，国家执行项目，物理层，TRE，树，并TOL的。 此外，还可以添加的信息从一个自定义的网址或网络服务，并从中读取数据TreeBASE，Pfam，并TreeFam的。 更重要的是，你可以打印或出口的信息，以PDF,PNG,JPG,GIF,或输出的文件的格式。

    始祖鸟提供的可能性，以使用的若干专用公用事业以上色分支机构根据信，删除分支颜色、折叠特定物种子树，解释的名字作为节点分类的科学名称，治疗的名字作为节点的顺序(蛋白质的基因)的名称，提取生物分类代码的节点名，以及获得详细分类信息。

    其他重要结构的参数值得提到的可用于查看数据作为文本，Newick,NHX，或关系的格式，调整大小的字体，执行搜索，并显示或隐藏的几个要素，如总的节点的总和依赖cladograms，节点箱、规模和分度的价值观。

    此外，允许放大或缩小所产生的树，以树枝长，彩色的一个子树，并推出一个网络浏览器显示的顺序或分类的信息。

    底线是，始祖鸟附带一套全面的特点帮助你进行分析的分子数据集，特别是在该领域的phylogenomics的。 它是适合大多数为专业的用户。

  • आर्कियोप्टेरिक्स एक हल्के सॉफ्टवेयर एप्लीकेशन जिसका उद्देश्य है की मदद करने के लिए आप को खोलने के लिए, परिवर्तन, और विश्लेषण वंशावली पेड़.

    यह तैनात किया जा सकता है सभी विंडोज संस्करणों पर, वहाँ से बाहर ही प्रदान की जाती है कि आप काम कर रहे जावा वातावरण लक्ष्य कंप्यूटर पर स्थापित किया है ।

    यह एक पोर्टेबल कार्यक्रम के साथ आता है जो के साथ कई लाभ के लिए अपने कंप्यूटर. आप कर सकते हैं इसे चलाने के लिए निष्पादन योग्य फ़ाइल (कोई सेटअप प्रक्रिया में शामिल है) और इसे कॉपी पर किसी भी यूएसबी फ्लैश ड्राइव या अन्य पोर्टेबल उपकरणों के लिए यह कर सकते हैं तो आप के साथ सब समय है.

    यह निशान नहीं छोड़ता अपने Windows रजिस्ट्री और दुकान में अन्य विन्यास फाइल कर सकते हैं तो आप इसे से छुटकारा पाने के को हटाने के द्वारा पैकेज है कि आप पकड़ा है इंटरनेट से.

    आर्कियोप्टेरिक्स से पता चलता है एक अच्छी तरह से संरचित सुइट सुविधाओं की है । हालांकि, यह जरूरी नहीं मतलब है कि आप व्याख्या कर सकते हैं समर्पित मानकों के साथ आराम से. आप की जरूरत है निवेश करने के लिए अतिरिक्त समय के लिए सीखने कैसे करने के लिए से बाहर सबसे बनाने के लिए आवेदन की क्षमताओं. एक मैनुअल मदद के पैकेज में शामिल है और शामिल हैं छोटे विवरण के बारे में कार्यक्रम की विशेषताएं है ।

    कई चेक बॉक्स एकीकृत कर रहे हैं के बाईं ओर पर काम पर्यावरण की मदद करने के लिए आप प्रदर्शन में कई वस्तुओं पर, पेड़ के रूप में इस तरह के वर्गीकरण कोड, प्रोटीन/जीन प्रतीक है, प्रोटीन/जीन का नाम, आत्मविश्वास मूल्य, घटना, और नोड नाम है ।

    आवेदन की संभावना प्रदान करता है डेटा आयात करने के लिए विभिन्न फ़ाइल स्वरूपों, जैसे XML, NHX, राष्ट्रीय राजमार्ग, नेक्स, बनावट, पेड़, पेड़, और TOL. इसके अलावा, आप से जानकारी जोड़ सकते हैं एक कस्टम यूआरएल या वेब सेवा से डेटा को पढ़ने TreeBASE, Pfam, और TreeFam. क्या अधिक है, आप कर सकते हैं प्रिंट या निर्यात के बारे में जानकारी के लिए पीडीएफ, पीएनजी, JPG, GIF, या बीएमपी फ़ाइल स्वरूप है ।

    आर्कियोप्टेरिक्स संभावना प्रदान करता है का उपयोग करने के लिए कई समर्पित उपयोगिताओं क्रम में colorize करने के लिए शाखाओं पर निर्भर करता है विश्वास, हटाने, शाखा, रंग, पतन प्रजाति विशेष के सबट्री की व्याख्या, नोड नाम के रूप में वर्गीकरण वैज्ञानिक नाम, इलाज नोड नाम के रूप में अनुक्रम (प्रोटीन, जीन) के नाम, निकालने वर्गीकरण कोड से नोड नाम, के रूप में अच्छी तरह के रूप में विस्तृत वर्गीकरण के बारे में जानकारी.

    अन्य महत्वपूर्ण विन्यास पैरामीटर के लायक उल्लेख किया जा रहा को सक्षम करने के लिए आप डेटा देखने के रूप में पाठ, Newick, NHX, या नेक्सस प्रारूप को समायोजित, फ़ॉन्ट का आकार, खोजों प्रदर्शन, और दिखाने या छुपाने के लिए कई तत्वों, इस तरह के रूप में कुल नोड राशि निर्भर cladograms, नोड बक्से, पैमाने, और शाखा लंबाई मूल्यों.

    इसके अलावा, आप अनुमति दी जाती है में ज़ूम करने के लिए या से बाहर उत्पन्न पेड़, आदेश के पेड़ से एक शाखा लंबाई, रंग एक सबट्री, और प्रक्षेपण के एक वेब ब्राउज़र पर प्रदर्शित करने के लिए अनुक्रम या वर्गीकरण के बारे में जानकारी ।

    लब्बोलुआब यह है कि आर्कियोप्टेरिक्स के साथ बंडल आता है के लिए एक व्यापक सुइट की सुविधाओं के लिए मदद से आप प्रदर्शन के विश्लेषण के लिए आणविक डेटा सेट में, विशेष रूप से क्षेत्र के phylogenomics. यह उपयुक्त है, ज्यादातर के लिए व्यावसायिक उपयोगकर्ताओं के लिए ।

  • Archaeopteryx is a lightweight software application whose purpose is to help you open, alter, and analyze phylogenetic trees.

    It can be deployed on all Windows versions out there, provided that you have the Java working environment installed on the target computer.

    This is a portable program which comes with with several benefits to your computer. You may run it by simply opening the executable file (there’s no setup included in the process) and copy it on any USB flash drive or other portable devices so you can have it with you all the time.

    It does not leave traces in your Windows registry and store other configuration files so you can get rid of it by deleting the package that you have grabbed from the Internet.

    Archaeopteryx reveals a well-structured suite of features. However, this does not necessarily mean that you can decode the dedicated parameters with ease. You need to invest extra time for learning how to make the most out of the application’s capabilities. A help manual is included in the package and includes short descriptions about the program’s features.

    Several checkboxes are integrated at the left side of the working environment for helping you display several items on the tree, such as taxonomy code, protein/gene symbol, protein/gene name, confidence value, event, and node name.

    The application offers you the possibility to import data from various file formats, such as XML, NHX, NH, NEX, PHY, TRE, TREE, and TOL. In addition, you can add information from a custom URL or web service and read data from TreeBASE, Pfam, and TreeFam. What’s more, you can print or export the information to PDF, PNG, JPG, GIF, or BMP file format.

    Archaeopteryx offers you the possibility to make use of several dedicated utilities in order to colorize branches depending on confidence, delete branch colors, collapse species-specific subtrees, interpret node names as taxonomic scientific names, treat node names as sequence (protein, gene) names, extract taxonomic codes from node names, as well as get detailed taxonomic information.

    Other important configuration parameters worth being mentioned enable you to view data as text, Newick, NHX, or Nexus format, adjust the size of the font, perform searches, and show or hide several elements, such as total node sum dependent cladograms, node boxes, scale, and branch length values.

    Furthermore, you are allowed to zoom in or out of the generated tree, order the tree by branch length, color a subtree, and launch a web browser to display sequence or taxonomy information.

    The bottom line is that Archaeopteryx comes bundled with a comprehensive suite of features for helping you perform analyses of molecular data sets, especially in the field of phylogenomics. It is suitable mostly for professional users.