• HON新的应用程序的设计是保守的估计和激进的突变之间的距离蛋白质的编码的DNA序列。 该方法是修改原始的方法Hughes,Ota，并Nei(1990年)通过考虑到过渡的偏见。

    三种类型的氨基酸的分类(收费、极性和田和Yasunaga)提供。 其中一个还可以定义为保守和彻底的氨基酸改变自己。

    一个可以定义氨基酸基因改变的群体是激进的和内的团体的比较保守。 做到这一点，创造一个文件命名的自我。div。 在该文件中，第一行，应该集团的氨基酸(例如，在这种情况下，有三个集团[-,0,+])，第二线的数量的氨基酸中的第一组，一个空间，氨基酸的小组。

    一个字母代码的氨基酸应用。 下一个线将该信息用于第二组。 一个只需要输入的信息的第n-1基，如果有n团体的总数，因为最后一组可以从信息的第n-1团体。

  • माननीय-नए आवेदन डिजाइन किया गया था आकलन करने के लिए रूढ़िवादी और कट्टरपंथी nonsynonymous के बीच दूरी प्रोटीन कोडिंग डीएनए दृश्यों. विधि से संशोधित की मूल विधि ह्यूजेस, ओटीए, और Nei (1990)खाते में लेने के द्वारा संक्रमण पूर्वाग्रह है ।

    तीन प्रकार के एमिनो एसिड वर्गीकरण (प्रभारी, polarity और Miyata और Yasunaga) प्रदान की जाती हैं. एक भी परिभाषित कर सकते हैं रूढ़िवादी और कट्टरपंथी एमिनो एसिड परिवर्तन के द्वारा अपने आप को.

    एक परिभाषित कर सकते हैं एमिनो एसिड समूहों इतना है कि परिवर्तन समूहों के बीच कट्टरपंथी हैं और समूहों के भीतर कर रहे हैं, रूढ़िवादी है । ऐसा करने के लिए, creat एक फ़ाइल नाम स्व.div. इस फ़ाइल में पहली पंक्ति में होना चाहिए के समूहों एमिनो एसिड (उदाहरण के लिए, के मामले में चार्ज, तीन समूहों रहे हैं [-,0,+]), दूसरी लाइन है एमिनो एसिड की संख्या पहले समूह में, एक जगह है, और अमीनो एसिड के समूह में.

    एक पत्र कोड के अमीनो एसिड का इस्तेमाल किया जाना चाहिए. अगली पंक्ति हो जाएगा के बारे में जानकारी के लिए । एक ही की जरूरत के लिए इनपुट जानकारी के एन-1 समूहों, अगर वहाँ रहे हैं n समूहों में कुल, क्योंकि पिछले समूह से प्राप्त किया जा सकता जानकारी के एन-1 समूहों.

  • The HON-NEW application was designed for estimating conservative and radical nonsynonymous distances between protein coding DNA sequences. The method is modified from the original method of Hughes, Ota, and Nei (1990)by taking into account the transition bias.

    Three types of amino acid classifications (charge, polarity and that of Miyata and Yasunaga) are provided. One can also define conservative and radical amino acid changes by oneself.

    One can define amino acid groups so that changes among groups are radical and within groups are conservative. To do that, creat a file named self.div. In this file, the first line should be the groups of amino acids (e.g., in the case of charge, there are three groups [-,0,+]), the second line is the number of amino acids in the first group, a space, and the amino acids in the group.

    One-letter code of amino acids should be used. Next line will be the information for the second group. One only needs to input the information of the first n-1 groups, if there are n groups in total, because the last group can be derived from the information of the first n-1 groups.