WH Serial Key Full Version

WH开发一个计算机程序进行配合的形态模型，并进行测试的质量的适合的模型。 的形态模型被称为隔离模型，而是一个没有基因流动。 与比较DNA序列的数据，从每两个密切相关的物种的方法，该方法使估计的时间，因为形态和大小的祖先的鱼种。

隔离模型假设如下：

-两个物种或种群，从这些数据已经进行采样，出现了从一个单一的祖传物种，或人口，一段时间，t代，在过去。

-共同祖先的物种，或人口的不断有效的尺寸不适用。

-两后裔的种类(人口)必须不断有效的尺寸和N1N2，分别。

-除了目前的人口分在时间t，人口规模是不变的。

-由于人口的分离，有的是零基因流动之间的种类(人口).

-所有的突变是中性的。

该程序文件应该居住在同一文件夹中的数据文件或文件夹中自动检索系统的操作。 该程序可以运行所使用的命令行参数，或只需输入程序的名称('w'). 如果命令行参数都没有用，该程序要求的价值观的运行参数。

用户启动该程序只需要夹数据文件存在打字和名称的程序(例如'的地点')随后由进入关键。 该方案要求的几个问题有关的数据文件和所需的分析。 几乎所有的命令和选项，也可以进入使用命令行参数。

该程序可以开始使用或不使用的指令，在命令行。

没有命令行指令-简单类型的'w'在提示。 该程序将要求基本信息。

在一支持，点击的节目标打开了一个小小的窗口，在其命令行参数可以进入。 用户也可以只是打返回，在这一点上，该计划将请求运行时间参数。

命令行参数：

类型和输入

wh-d'datafilename'-r'resultsfilename'-N'numsims'-L'ldtype'-'ranseed'

其中：

'datafilename'的名称的数据文件，该文件是在同一文件夹中的程序

'resultsfilename'的名称文件，该文件将建立包含的结果。 结果文件会产生一个扩大的'。wh'

'numsims'是一个整数的数学模拟运行。 基本模型配合不需要的模拟。 如果这种价值是不是零或空白，该文件数据必须具有必要的资料重组的费率。

'ldtype'告诉程序是什么类型的联系不平衡的价值来计算。 这个选项需要，拟将完成，并且，文件的数据包括的信息的重组和观察LD值。'ldtype'必须对应措施的联系不平衡使用，以生成数据文件。

'ldtype'可以采取以下价值观：

'R'调用的相关系数

'S'援引r^2,方的相关系数

'D'调用基本的四分孢子的不平衡测量D

'P'调D'相当于D/D，D是可能的最大值D给予观察到的等位基因频率。

'B'调用绝对值D|D|

'ranseed'是一个随机数量的种子并不是一般所要求的，除非用户要重复的模拟准确。

WH विकसित किया गया था होना करने के लिए एक कंप्यूटर प्रोग्राम है कि बाहर किया जाता है फिटिंग के एक प्रजातीकरण मॉडल, और आयोजित करता है के परीक्षण की गुणवत्ता के फिट है कि मॉडल है । के प्रजातीकरण मॉडल कहा जाता है अलगाव मॉडल, और एक के बिना जीन प्रवाह. के साथ तुलनात्मक डीएनए अनुक्रम डेटा से प्रत्येक के दो निकट से संबंधित प्रजातियों के साथ, इस विधि की अनुमति देता है एक अनुमान के समय के बाद से प्रजातीकरण और आकार के पैतृक प्रजातियों.

अलगाव मॉडल मानता है निम्नलिखित:

- दो प्रजातियों, या आबादी है, जिसमें से डेटा दिया गया है, नमूना से उठी एक ही पैतृक प्रजातियों, या जनसंख्या, कुछ समय, टी, पीढ़ियों के अतीत में है ।

- आम पैतृक प्रजातियों, या जनसंख्या की निरंतर प्रभावी आकार ना.

- दो वंशज प्रजातियों (आबादी) है निरंतर प्रभावी आकार N1 और N2 क्रमशः.

- को छोड़कर, पल के लिए आबादी की जुदाई पर समय टी, जनसंख्या आकार लगातार कर रहे हैं ।

- के बाद से जनसंख्या जुदाई में, वहाँ है शून्य जीन प्रवाह के बीच प्रजातियों (आबादी).

- सभी म्यूटेशन तटस्थ हैं.

प्रोग्राम फ़ाइल रहते हैं चाहिए या तो एक ही फ़ोल्डर में डेटा के रूप में फाइल या फ़ोल्डर में स्वचालित रूप से खोज के द्वारा ऑपरेटिंग सिस्टम है । कार्यक्रम चलाया जा सकता है का उपयोग कमांड लाइन पैरामीटर, या बस टाइपिंग कार्यक्रम के नाम ('क'). अगर कमांड लाइन पैरामीटर इस्तेमाल नहीं कर रहे हैं, इस कार्यक्रम के लिए पूछता है के मूल्यों रनटाइम पैरामीटर.

उपयोगकर्ता शुरू होता है, इस कार्यक्रम के बस से जा रहा करने के लिए जहां फ़ोल्डर में डेटा फ़ाइल मौजूद है और टाइपिंग प्रोग्राम का नाम (उदाहरण के लिए 'साइट') के द्वारा पीछा किया, कुंजी दर्ज करें. कार्यक्रम में कई सवालों के बारे में डेटा फ़ाइल और वांछित विश्लेषण. लगभग सभी आदेशों और विकल्पों में से भी प्रवेश किया जा सकता का उपयोग कमांड लाइन पैरामीटर है ।

कार्यक्रम शुरू किया जा सकता है के साथ या बिना उपयोग के निर्देश कमांड लाइन पर.

बिना कमांड लाइन निर्देश - बस प्रकार 'क' प्रॉम्प्ट पर. कार्यक्रम के लिए पूछना होगा बुनियादी जानकारी है ।

पर एक PowerPC पर क्लिक करें, कार्यक्रम आइकन खोलता है एक छोटी सी खिड़की में जो कमांड लाइन पैरामीटर में प्रवेश किया जा सकता है । उपयोगकर्ता भी कर सकते हैं बस वापस मारा और इस बिंदु पर कार्यक्रम का अनुरोध करेंगे रनटाइम पैरामीटर.

कमांड लाइन पैरामीटर:

प्रकार और दर्ज करें

wh-d'datafilename' आर'resultsfilename' -एन'numsims' -L'ldtype' -एक'ranseed'

जहां:

'datafilename' नाम के एक डेटा फ़ाइल है कि एक ही फ़ोल्डर में कार्यक्रम के रूप में

'resultsfilename' नाम की फ़ाइल मिलेगी कि बनाया जा करने के लिए होते हैं परिणाम. परिणाम फ़ाइल में उत्पन्न हो जाएगा के विस्तार के साथ एक 'है । wh'

'numsims' एक पूर्णांक है की संख्या के सिमुलेशन चलाने के लिए है । बुनियादी मॉडल फिटिंग की आवश्यकता नहीं सिमुलेशन. यदि यह मान शून्य नहीं है, या रिक्त है, तो डेटा फ़ाइल में होना चाहिए पर आवश्यक जानकारी पुनर्संयोजन दर.

'ldtype' कार्यक्रम बताता है की किस प्रकार लिंकेज असंतुलन मूल्य की गणना करने के लिए है । इस विकल्प की आवश्यकता है कि सिमुलेशन किया जा सकता है, और है कि डेटा फ़ाइल के बारे में जानकारी शामिल पुनर्संयोजन और मनाया LD मूल्यों. 'ldtype' के अनुरूप होना चाहिए मापने के संबंध असंतुलन उत्पन्न करने के लिए इस्तेमाल के datafile ।

'ldtype' पर ले जा सकते हैं निम्न मान है:

'आर' का आह्वान सहसंबंध गुणांक

'S' का आह्वान आर^2, वर्ग के सहसंबंध गुणांक

'डी' का आह्वान बुनियादी gametic असंतुलन उपाय D

'P' का आह्वान डी' के बराबर है जो डी/ Dmax, जहां Dmax है अधिकतम संभव मूल्य के विकास को देखते हुए मनाया एलील आवृत्तियों.

'बी' का आह्वान निरपेक्ष मूल्य के विकास के साथ, |डी|

'ranseed' एक यादृच्छिक संख्या बीज और आम तौर पर आवश्यक नहीं है जब तक कि उपयोगकर्ता चाहता है दोहराने के लिए सिमुलेशन वास्तव में है ।

WH was developed to be a computer program that carries out the fitting of a speciation model, and conducts tests of the quality of fit of that model. The speciation model is called the Isolation Model, and is one without gene flow. With comparative DNA sequence data from each of two closely related species, the method allows an estimation of the time since speciation and the size of the ancestral species.

The isolation model assumes the following:

- Two species, or populations, from which the data have been sampled, arose from a single ancestral species, or population, some time, t generations, in the past.

- The common ancestral species, or population was of constant effective size NA.

- The two descendant species (populations) have constant effective sizes N1 and N2, respectively.

- Except for the moment of population separation at time t, population sizes are constant.

- Since population separation, there is zero gene flow between the species (populations).

- All mutations are neutral.

The program file should reside either in the same folder as the data file or in a folder automatically searched by the operating system. The program can be run using command line parameters, or by simply typing the name of the program ('wh'). If command line parameters are not used, the program asks for the values of runtime parameters.

The user starts the program simply by going to the folder where the data file exists and typing the name of the program (e.g. 'sites') followed by the enter key. The program asks several questions about the data file and the desired analysis. Nearly all commands and options can also be entered using command line parameters.

The program can be started with or without the use of instructions at the command line.

Without command line instructions - simply type ‘wh’ at the prompt. The program will ask for basic information.

On a PowerPC, clicking on the program icon opens a small window in which command line parameters can be entered. The user can also just hit return at this point and the program will request runtime parameters.

Command Line Parameters:

Type and enter

wh -d'datafilename' -r'resultsfilename' -N'numsims' -L'ldtype' -A'ranseed'

Where:

'datafilename' is the name of a data file that is in the same folder as the program

'resultsfilename' is the name of the file that will be created to contain the results. The results file will be generated with an extension of '.wh'

'numsims' is an integer of the the number of simulations to be run. Basic model fitting does not require simulations. If this value is not zero or blank, the data file must have the necessary information on recombination rates.

'ldtype' tells the program what type of linkage disequilibrium value to calculate. This option requires that simulations be done, and that the data file include information on recombination and observed LD values. 'ldtype' must correspond to the measure of linkage disequilibrium used to generate the datafile.

'ldtype' can take on the following values:

'R' invokes the correlation coefficient

'S' invokes r^2, the square of the correlation coefficient

'D' invokes the basic gametic disequilibrium measure D

'P' invokes the D' which is equal to D/ Dmax, where Dmax is the maximum possible value of D given the observed allele frequencies.

'B' invokes the absolute value of D, |D|

'ranseed' is a random number seed and is not generally required unless the user wants to repeat simulations exactly.