• Clustal X是一个先进的程序，该程序涉及多个序列的蛋白质和DNA。 设计为一个图形用户界面ClustalW，该程序进行深入的序列分析，同时还提供许多公用事业进行适当比较。

    该方案是能够工作有准备的序列，导文件的以下格式：EMBL/SWISSPROT,NBRF/PIR，皮尔逊(Fasta),GCG/无国界医生组织(堆积的)，Clustal(*.氮化铝),GCG9/RSF和途径广东现代国际展览中心的。

    在进口过程中，Clustal X尝试，以检测是否核苷酸的序列或氨基酸，但是没有实际保证的选择是正确的。

    一旦源的文件已被载入，序列比对，将显示在主窗口程序。 内，在色彩方案供应到强调保守的功能，使他们跳出经由鲜艳的颜色。

    在以区分的内容的序列，这是建议您使用大字体；这将导致在缩小序列看来，使它更容易发现其组成。

    允许的操作程序作相当名单；可以添加一个序列，以现有的取向、切割或糊的片段，以及搜索字符串或删除现有的差距。

    此外，可以执行的路线通过以下方法：完成(顺序进行全面分析)，导树唯一或调整选定的序列和/或残余物的范围。

    它是建议之前开始准过程中，你将所有的参数(新的差距，蛋白质的差距)，以便使结果是结论性的。

    最重要的一个指示性的分析，将对质量评分，这是绘为每一列独立。 一个高分，指定一个保守的柱，而低保护水平是指示由一个较低的分数。

    然而，分析取决于多种参数，这些参数应该是按照科学目的，需要加以进行。 大多数肯定地说，该方案使得最佳选择科学家，以及学生正在寻找一个载了DNA测序。

  • Clustal X के लिए एक उन्नत कार्यक्रम है कि सौदों के साथ एकाधिक अनुक्रम संरेखण के लिए प्रोटीन और डीएनए. के रूप में बनाया गया एक जीयूआई के लिए ClustalW, इस कार्यक्रम से बाहर किया जाता है में गहराई से अनुक्रम विश्लेषण भी है, जबकि पेशकश की है, कई उपयोगिताओं के लिए उचित प्रदर्शन की तुलना.

    कार्यक्रम में सक्षम है के साथ काम करने के लिए तैयार दृश्यों से आयातित फ़ाइलों के निम्न स्वरूपों: EMBL/SWISSPROT, NBRF/पीर, पियर्सन (Fasta), GCG/एमएसएफ (Pileup), Clustal (*.aln), GCG9/RSF और GDE.

    आयात प्रक्रिया के दौरान, Clustal X प्रयास करने के लिए है कि क्या पता लगाने के दृश्यों रहे हैं न्यूक्लियोटाइड या एमिनो एसिड होता है, लेकिन वहाँ कोई वास्तविक गारंटी है कि चुनाव सही हो जाएगा ।

    एक बार स्रोत फ़ाइल लोड किया गया है, के साथ अनुक्रम संरेखण में प्रदर्शित किया जाएगा कार्यक्रम की मुख्य विंडो है । में निर्मित रंग योजना में कार्य करता है को उजागर करने के लिए संरक्षित सुविधाओं बना रही है, उन्हें बाहर पॉप के माध्यम से ज्वलंत रंग ।

    भेद करने के क्रम में सामग्री के दृश्यों के साथ, यह अनुशंसित है कि आप एक बड़े फ़ॉन्ट का उपयोग; इस में परिणाम होगा एक तेजी से बढ़ी अनुक्रम देखने के लिए, यह आसान हाजिर करने के लिए इसकी रचना की है ।

    संचालन की अनुमति दी द्वारा कार्यक्रम बनाने के लिए काफी सूची है; आप कर सकते हैं संलग्न करने के लिए एक दृश्य एक मौजूदा संरेखण, कट या पेस्ट का एक टुकड़ा, के रूप में अच्छी तरह के रूप में खोज करने के लिए एक स्ट्रिंग को निकालने के लिए या मौजूदा अंतराल.

    इसके अलावा, आप प्रदर्शन कर सकते हैं alignments के माध्यम से निम्न विधियों में से एक: पूर्ण (अनुक्रम से गुजरना होगा एक पूरा विश्लेषण), गाइड पेड़ या केवल एक फिर से संगठित करना के चयनित दृश्यों और / या अवशेषों के बीच है ।

    यह सिफारिश की है कि शुरू करने से पहले एक संरेखण प्रक्रिया, आप रीसेट सभी मापदंडों (नया अंतराल, प्रोटीन अंतराल) के लिए आदेश में परिणाम के लिए निर्णायक हो.

    एक सबसे महत्वपूर्ण संकेत विश्लेषण के संरेखण किया जाएगा गुणवत्ता स्कोर, जो साजिश रची है के लिए प्रत्येक स्तंभ में अलग-अलग है । एक उच्च स्कोर designates एक अच्छी तरह से संरक्षित स्तंभ है, जबकि कम संरक्षण के स्तर से संकेत कर रहे हैं एक कम स्कोर है ।

    हालांकि, विश्लेषण पर निर्भर करता है मानकों की एक किस्म है, जो सेट किया जाना चाहिए, के अनुसार वैज्ञानिक उद्देश्य की जरूरत है कि किया जा करने के लिए किया जाता है । सबसे निश्चित रूप से, कार्यक्रम के लिए एक बढ़िया विकल्प बनाता है वैज्ञानिकों के लिए, के रूप में अच्छी तरह से छात्रों के रूप में देख रहे हैं, जो बनाने के लिए एक वाहक के डीएनए अनुक्रमण.

  • Clustal X is an advanced program that deals with multiple sequence alignment for proteins and DNA. Designed as a GUI for ClustalW, the program carries out in-depth sequence analysis, while also offering many utilities to perform proper comparisons.

    The program is able to work with ready sequences, imported from files of the following formats: EMBL/SWISSPROT, NBRF/PIR, Pearson (Fasta), GCG/MSF (Pileup), Clustal (*.aln), GCG9/RSF and GDE.

    During the import process, Clustal X attempts to detect whether the sequences are nucleotides or amino acids, but there’s no actual guarantee that the choice will be correct.

    Once the source file has been loaded, the sequence alignment will be displayed in the main window of the program. The built-in coloring scheme serves to highlight conserved features, making them pop out via vivid colors.

    In order to distinguish the contents of the sequences, it is recommended that you use a larger font; this will result in a zoomed sequence view, making it easier to spot its composition.

    The operations allowed by the program make quite the list; you can append a sequence to an existing alignment, cut or paste a fragment, as well as to search for a string or to remove existing gaps.

    Also, you can perform alignments via one of the following methods: complete (the sequence will undergo a full analysis), guide tree only or a realignment of the selected sequences and / or residue ranges.

    It is recommended that before starting an alignment process, you reset all the parameters (new gaps, protein gaps) in order for the results to be conclusive.

    One of the most important indicative of the analysis will be the alignment quality score, which is plotted for each column individually. A high score designates a well-conserved column, while low conservation levels are indicated by a lower score.

    However, the analysis depends on a variety of parameters, which should be set in accordance with the scientific purpose that needs to be carried out. Most definitely, the program makes a great choice for scientists, as well as students who are looking to make a carrier out of DNA sequencing.